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最新消息| 生物計算“奧賽”四大冠軍團隊:當生命科學遇上史詩級AI,何去何從? | 2023-03-07 |
| 文章来源：由「百度新聞」平台非商業用途取用"http://www.myzaker.com/article/63f5e9af8e9f0933d0120353" 首頁正文雷鋒網02-22生物計算“奧賽”四大冠軍團隊：當生命科學遇上史詩級AI，何去何從？人們普遍認為，人工智能曾經歷過兩次熱潮，現在迎來了第三次熱潮。1956年8月，在美國漢諾斯小鎮的一所學府中，十位來自數學系、計算機系、物理系的學者和湊在一起，討論著一個完全不食人間煙火的主題：用機器來模仿人類智能。會議足足開了兩個月的時間，雖然大家沒有達成普遍的共識，卻為會議討論的內容起了一個名字：人工智能。因此，1956年也就成為了人工智能元年。此后的十幾年里，關于這項創新技術的討論不止不休，科學家們卻窘然發現，這一技術最終只能解決拼圖以及一些簡單的游戲。甚至不少人戲謔人工智能的命名者JohnMcCarthy，"他只能聊，沒干貨。"20世紀70年代，人工智能陷入低潮。如今半個世紀過去，人工智能技術在1980年代和2010年代兩度掀起熱浪，又兩度遇冷漸熄。不少學者直言："坐上了學術冷板凳，就要耐得住寂寞。"實際上，如果仔細比對這段歷史會發現，幾乎每一次浪潮興衰都關乎同一命題："人工智能"能否帶來實用性成果。在決定人類前途命運的生命科學領域，這一問題尤為迫切。幸運的是，這兩年來，這一領域終于有了實質性突破：2020年11月，DeepMind開發的AlphaFold2，預測出了2億多蛋白質的結構宇宙，生物計算技術達到了人類利用傳統實驗技術的預測水平。2021年10月，DeepMind又推出AlphaFold-Multimer，用于蛋白質復合物的預測，特別是對結合界面結構的預測，可以預測多達幾千個殘基的復合物。2022年11月，在素有生物計算領域"奧運會"之稱的CASP15賽上，首設蛋白質復合體預測、RNA結構預測兩大賽道，華人團隊表現亮眼。諸如：成立于2021年4月的智峪生科，熊鵬、王晟帶隊獲RNA結構預測第一名；江蘇理工學院生物信息與醫藥工程研究所所長常珊，帶隊獲蛋白質-小分子配體復合物結構預測組第一名；浙江工業大學信息工程學院教授張貴軍教授，帶隊獲準確性賽道復合物接觸殘基精度評估第一名；山東大學數學與交叉科學研究中心楊建益教授，帶隊獲蛋白質單體結構預測組第一名；密歇根大學計算醫學和生物信息學系博士后研究員鄭偉，獲蛋白質單體單結構域、蛋白質單體多結構域、蛋白質復合體結構預測類別等賽項第一名。如果說以上戰績還僅僅停留在"發現"層面，那么近期蛋白質設計技術"狂飆"，則直接進入到"發明"階段。去年12月1日，華盛頓大學DavidBaker團隊發布了RFDiffusion、同日波士頓蛋白質設計公司GenerateBiomedicines發布了擴散蛋白生成模型Chroma、同月Meta發布基于150億參數的ESM2語言模型。今年年初，加州伯克利一家初創公司Profluent采用類似ChatGPT的蛋白質工程深度學習語言模型——Progen，最近國內天壤團隊也自研了一款擴散模型TRDiffusion，多種人工設計的非天然蛋白質已進入實驗驗證階段。這不難讓人想到，日前結束的第41屆JP摩根醫療健康大會上，科技公司Nvidia的報告指出，"或許很快，基于AlphaFold2精準解析蛋白質三維結構，再加上能從頭生成人工蛋白質設計技術，就會給生物學領域帶來一場新的變革。"回顧往昔，人工智能再不是"陽春白雪"的代名詞，科學技術要"接地氣"，而不久的將來，每個人都將成為這場產業變革的見證者。為了更加深入、系統地討論生命科學技術的落地，2月23日（本周四20：00），我們將舉辦主題為《生物計算"奧賽"四大冠軍團隊：當生命科學遇上史詩級AI，何去何從？》的線上圓桌論壇。智峪生科董事長，CEO王晟擔任主持、密歇根大學計算醫學及生物信息學系鄭偉、浙江工業大學信息工程學院張貴軍教授、江蘇理工學院生物信息與醫藥工程研究所常珊教授、智峪生科CTO熊鵬共同參與討論。讀者可掃描文章底部海報的二維碼，添加策劃人吳彤微信（微信號：icedagunaing），備注"姓名+職位"，后續我們會邀請您進入專家社群，并將您的問題收集、匯總，反饋給參會嘉賓，在討論環節進行解答。嘉賓介紹主持人：上海智峪生科CEO，王晟現任上海智峪生科CEO。王晟博士擁有近20年蛋白質結構研究及算法開發經驗，本科畢業于上海交通大學生命科學院，并在中科院理論物理所獲得博士學位，博士后研究師從芝加哥豐田計算技術研究所教授許錦波，作為核心開發者開發出RaptorX-Contact方法。該方法的蛋白質預測精度最高達到80%。2022年5月，王晟正式加入智峪生科擔任CEO，此前他是騰訊AILab的高級研究專家，主導開發了tFold工具。王晟博士在國際知名期刊上發表論文60多篇，會議論文近30篇，包括計算生物的知名會議ISMB、RECOMB、ECCB等，以及計算機視覺機器學習領域知名會議CVPR、AAAI等。GoogleScholar引用接近5000次，H-index為28。憑借在生物信息技術與合成生物學領域的成就，入選美國斯坦福大學發布2021年度"全球前2%頂尖科學家榜單"。江蘇理工學院生物信息與醫藥工程研究所，常珊江蘇理工學院生物信息與醫藥工程研究所所長，教授，碩導、江蘇省生物信息學專業委員會委員、美國密蘇里大學哥倫比亞分校博士后、江蘇省生物醫學工程學會教育與科普專委會委員、《數據采集與處理》第七屆編委會委員、CASP15中獲蛋白質-小分子配體復合物結構預測組第一名。常珊教授主要研究方向為人工智能輔助藥物設計、機器學習、高性能計算和分子識別、腦機接口和穿戴式智能設備等。曾多次參加由歐洲分子生物學實驗室和歐洲生物信息研究所發起的國際生物大分子相互作用預測競賽（CAPRI），排名位居國際前列。在國內外期刊及會議上發表學術論文120余篇，被SCI檢索90篇，EI檢索30篇，Googlescholar引用超過1400次，H指數為21，獲得軟件著作權15項，申請發明專利33項(授權9項)，參與出版專著3部，譯著1部。主持國家自然科學基金等各類項目十余項。密歇根大學計算醫學和生物信息學系博士后研究員，鄭偉密歇根大學計算醫學和生物信息學系博士后研究員，CASP15中獲蛋白質結構預測等賽項第一名。鄭偉博士本碩博畢業于南開大學，先后師從胡剛教授，阮吉壽教授，學習蛋白質結構生物信息學基礎。2015年后，博士最后兩年，在密西根大學張陽教授實驗室進行訪問交流，2017年博士畢業后在密西根大學張陽教授實驗室，繼續從事AI輔助蛋白質結構預測等相關研究。鄭偉博士主要研究興趣涉及蛋白質結構預測、蛋白質功能注釋。其主導開發的C-I-TASSER、C-QUARK、D-I-TASSER、DMFold-Multimer等算法相繼在第13、14、15屆世界蛋白質結構預測大賽（既CASP）中多次獲得多項賽事第一名。基于這些算法構建的在線服務器，已為世界100多個國家6萬多用戶提供過關于蛋白質結構方面的服務。鄭偉博士在NatureCommunications、PNAS、ScienceAdvances、NucleicAcidsResearch、Bioinformatics，BriefingsinBioinformatics等SCI期刊發表論文50多篇。GoogleScholar引用接近1700次，H-index為21。浙江工業大學信息工程學院，張貴軍教授浙江工業大學信息工程學院教授，博士生導師，浙江省高等學校中青年學科帶頭人，浙江省生物信息學學會秘書長、理事，浙江省生物信息學學會人工智能專委會主任，CASP15中獲準確性賽道復合物接觸殘基精度評估第一名。張貴軍教授本碩畢業于太原理工大學，2004年獲上海交通大學獲博士學位，2004年至今在浙江工業大學信息工程學院任教。目前主要研究方向為結構生物信息學、人工智能與計算智能。近5年來，主持科技部科技創新2030-"新一代人工智能"重大項目課題2項、國家重點研發項目子課題1項、國家自然科學基金項目2項、浙江省自然科學基金重點項目1項；第一作者（含通訊作者）在PNAS、CommunicationsBiology、NucleicAcidsResearch、Bioinformatics、BIB、JCIM等生物信息學期刊，TEVC、TCYB、TCBB、TNB等IEEE匯刊上發表研究論文50多篇；授權發明專利近100項，其中專利轉化10項；獲得中國自動化學會自然科學二等獎1項；帶領課題組開發了SADA系列、PAthreader、DeepUMQA系列、MMPred、SNfold、DomBPred、MPDB等服務器、數據庫及工具軟件20余項。智峪生科技CTO，熊鵬智峪生科技聯合創始人，CASP15中獲RNA結構預測組第一名。熊鵬博士2009年本科畢業于中國科大，并于2015年取得中國科大博士學位，之后分別在美國密歇根大學，中國科大以及澳大利亞格里菲斯大學從事博士后和研究員工作，目前任職于上海智峪生物科技有限公司。熊鵬博士主要從事計算生物學研究，其開發的基于統計能量的蛋白質設計方法ABACUS，經廣泛實驗驗證，可用于蛋白質從頭設計以及穩定性改造；其建立的RNA統計力場BRiQ，在RNA高精度結構優化領域達到國際先進水平。講座信息主題：當生命科學遇上史詩級AI，何去何從？時間：2月23日（周四），北京時間20:00-22:00主辦單位：雷峰網GAIRLive&《醫健AI掘金志》觀看方式&加入專家群：讀者可掃描文章底部海報的二維碼，添加策劃人吳彤微信（微信號：icedagunaing），備注"姓名+職位"，即可加入專家群，觀看此次線上論壇，實時交流與提問。關于GAIRLive"全球人工智能與機器人大會"（GAIR）始于2016年雷峰網與中國計算機學會（CCF）合作創立的CCF-GAIR大會，旨在打造人工智能浪潮下，連接學術界、產業界、投資界的新平臺，而雷峰網"連接三界"的全新定位也在此大會上得以確立。經過幾年發展，GAIR大會已成為行業標桿，是目前為止粵港澳大灣區人工智能領域規模最大、規格最高、跨界最廣的學術、工業和投資領域盛會。GAIRLive作為雷峰網旗下視頻直播品牌，旨在輸出新鮮、深度、原創的大咖訪談與對話內容，打造輻射產、學、研、投的特色線上平臺。查看原文 關鍵字標籤：專業生物安全櫃 Service UnavailableThe server is temporarily unable to service your request due to maintenance downtime or capacity problems. Please try again later. Additionally, a 503 Service Unavailable error was encountered while trying to use an ErrorDocument to handle the request. | |